Над животными, постоянно обитающими в воде, — рыбами и китообразными — эволюция работала по-другому. У китообразных особое строение надгортанника и черпаловидных хрящей привело к тому, что пищевод и воздухоносные пути никак не сообщаются между собой. Следовательно, кит может беспрепятственно открывать рот под водой и не захлебываться. Такое же строение глотки характерно для всех родственников китов — дельфинов и кашалотов, да и другие водные млекопитающие характеризуются разделением дыхательного и пищеварительного пути. Среди них, например, ластоногие — тюлени и морские котики.

Однако меньше всего проблем с глотанием под водой у костных рыб (осетров, лососей, карасей, окуней, щук и др. — всего более 20 000 видов). Строение их жабр позволяет воде с растворенным кислородом проникать через жаберные крышки к жаберным лепесткам, где происходит газообмен, а затем вода тем же путем удаляется из организма. У хрящевых рыб, например акул и скатов, жабры представляют собой прорези глотки, выходящие наружу, чтобы дышать. Поэтому они постоянно заглатывают воду и выбрасывают ее через жаберные щели. И если костные рыбы могут долго держать рот закрытым, хрящевые даже еду в пасти удерживать не могут — вынуждены отрывать и проглатывать кусок как можно быстрее. Но если у рыбы или водного млекопитающего нет аномалий в строении глотки, она никогда не захлебнется.