Первый Патриарх Московский и всея Руси Иов (1589-1605) главной целью своей деятельности считал укрепление в России Православия. По инициативе Патриарха были проведены ряд преобразований в Русской Церкви: учреждены новые епархии, основаны десятки монастырей, начато печатание богослужебных книг. В 1605 году отказался присягать Лжедмитрию и был низложен бунтовщиками.



Патриаршество священномученика Гермогена (1606-1612) совпало с трудным периодом в русской истории – Смутным временем. Он открыто выступал против иноземных захватчиков, против возведения на русский престол польского королевича. Во время голода, начавшегося в Москве, Патриарх приказал открыть для голодающих монастырские житницы. При осаде Москвы войсками Минина и Пожарского святитель Гермоген был низложен поляками и заключен в Чудовом монастыре под стражу, где умер от голода и жажды.