Экспозиция музея освещает историю российской контрразведки, начиная с образования Российского государства и до наших дней.
Залы посвящены деятельности органов государственной безопасности в 1917-1957 годы и групп специального назначения в годы Великой Отечественной войны; событиям холодной войны. Также представлено снаряжение шпионских групп, которые забрасывались на территорию Советского Союза иностранными разведками после окончания Великой Отечественной войны.