27 апреля 2012 года Анатолий Лебедь разбился перед воротами парка «Сокольники» в Москве, попав в ДТП. Авария произошла около 17:45 на пересечении Богородского шоссе с Майским просеком и Оленьим проездом. Лебедь не справился с управлением мотоцикла и врезался в бордюр. От полученных ранений он скончался на месте[7]. Похоронен на Аллее Героев Преображенского кладбища в Москве[8]. В июле 2013 года на могиле десантника установлен памятник, сделанный за счёт средств его сослуживцев и ветеранов воздушно-десантных войск России

2 августа 2014 года в эфире канала "Россия 1" состоялся показ документального фильма "Анатолий Лебедь. Досье русского Рэмбо", сюжет которого посвящен гвардии подполковнику спецназа ВДВ Анатолию Вячеславовичу Лебедю.