Вскоре после объявления об открытии H. floresiensis индонезийский антрополог Теуку Джейкоб выразил сомнение в том, что останки принадлежат новому виду. Он предположил, что это современный человек с микроцефалией. Однако исследования, проведенные палеонейрологом Дин Фальк, отвергли такую возможность. Компьютерная томография черепа, результаты которого были опубликованы в 2005 г., не обнаружила каких-либо свидетельств дефектов формирования черепа и мозга. Выводы исследования 2007 г. дают дополнительные доказательства отсутствия микроцефалии. Было проведено сравнительное исследование виртуального эндокаста черепа LB1, мозга девяти микроцефалов и десяти нормальных людей. В результате было установлено, что по своей форме череп LB1 схож с черепом здорового человека, однако имеет дополнительные уникальные особенности, которые можно ожидать от нового вида. В отличие от микроцефалов хорошо развиты лобная и височная доли, однако их строение отличается от строения соответствующих долей у современного человека.
Результаты сравнительных исследований других авторов, опубликованные в 2008-2009 гг., также доказывают несостоятельность гипотезы микроцефалии.

В июне 2006 г. анатом Гэри Ричардс представил новую гипотезу, суть которой заключается в том, что карликовый рост человека флоресского объясняется синдромом Ларона — наследственным заболеванием, при котором ткани становятся нечувствительны к гормону роста. На следующий год группа ученых, в которую входил и Г. Ричардс, опубликовала документ, в котором утверждается, что морфологические особенности H. floresiensis существенно не отличаются от людей с синдромом Ларона.
Однако в документе отмечается, что достоверно установить наличие или отсутствие синдрома Ларона можно только путем исследования ДНК, если оно вообще будет возможно. Критики гипотезы указывают на то, что за исключением малого роста люди с синдромом Ларона выглядят иначе, чем человек флоресский.
Эндемический кретинизм
В 2008 г. австралийские исследователи Питер Обендорф, Чарльз Окснард и Бен Кеффорд предположили, что LB1 и LB6 страдали от микседемного эндемического кретинизма, вызванного врожденным гипотиреозом, и являлись частью пораженного этим заболеванием населения острова. Это заболевание вызывается различными факторами, в т.ч. дефицитом йода, и до сих пор встречается среди местного индонезийского населения.

Пораженные данной болезнью люди рождаются с нефункционирующей щитовидной железой, следствием чего является малый рост и объем мозга. Однако их умственная отсталость и двигательные нарушения менее выражены, чем у кретинов неврологического происхождения. Согласно авторам исследования критические условия окружающей среды сложились на острове Флорес около 18 тыс. лет назад – в период времени, которым датированы останки. По мнению авторов, многочисленные особенности останков (такие как увеличенное «турецкое седло», необычно прямые и слабо скрученные плечевые кости, относительно толстые конечности, нижние премоляры с двумя корнями и примитивная морфология запястья) могут быть объяснены с помощью их гипотезы.
Однако Д. Фальк возразила, что по результатам компьютерной томографии размеры «турецкого седла» не больше обычных. Питер Браун заметил на это, что «турецкое седло» сохранилось очень плохо и каких-либо значимых выводов из его измерений сделать нельзя.

В 2009 г. Колин Гроувс и Катарин Фитцджеральд направили в Австралийское общество биологии человека документ, в котором содержались результаты сравнения флоресских костей и костей десяти больных эндемическим кретинизмом. Исследование было сконцентрировано на анатомических особенностях, характерных для данного заболевания. Сходства в результате изучения обнаружено не было.
В 2012 г. Браун сравнил морфологию скелета и зубов человека флоресского и больных кретинизмом. Он заключил что H. floresiensis не является современным человеком, страдающим от указанного заболевания.
Существующие свидетельства подтверждают гипотезу о том, что человек флоресский – последний потомок ранних африканских видов человека, с которыми его объединяют многие черты морфологии. Эта гипотеза дает более приемлемое объяснение особенностей H. floresiensis по сравнению с ранее выдвинутыми гипотезами генетических мутаций и заболеваний.
Тем не менее, ни одна из существующих гипотез не может объяснить ни весь диапазон особенностей, присущих данному виду, ни того, почему эти особенности столь похожи на признаки заболеваний.
В 2006 г. одновременно 2 группы ученых пытались извлечь ДНК из зуба, найденного в 2003 г., но обе потерпели неудачу. Среди возможных причин неудачи – извлечение ДНК из дентина (в то время как в зубном цементе содержание ДНК выше) и слишком высокая скорость сверления, которая могла привести к разрушению ДНК вследствие нагрева.