Три с половиной года провел Карбышев в фашистских застенках. К сожалению, до сих пор нет научных исследований (или хотя бы правдивых публикаций) о том трагическом и героическом периоде в жизни великого советского генерала. О судьбе Карбышева несколько лет в Москве вообще ничего не знали. Примечательно, что в его "Личном деле" в 1941 г. была сделана официальная отметка: "Пропал без вести".
В начале 1943 г. советской разведке стало известно, что командир одной из немецких пехотных частей полковник Пелит был срочно отозван с Восточного фронта и назначен комендантом лагеря в Хаммельбурге. В свое время полковник окончил юнкерское училище в Петербурге и прекрасно владел русским языком. Но особо примечательно, что бывший офицер царской армии Пелит служил когда-то в Бресте вместе с капитаном Карбышевым. Но этот факт у советских разведчиков особых ассоциаций не вызвал. Дескать, в царской армии служили как предатели, так и настоящие большевики.
Но дело в том, что именно Пелиту было поручено вести персональную работу с "военнопленным генерал-лейтенантом инженерных войск". Полковника при этом предупредили, что русский ученый представляет "особый интерес" для вермахта и в особенности для главного управления инженерной службы Германии. Надо приложить максимум усилий, чтобы он работал на немцев.

По некоторым данным, к концу октября 1942 г. немцы поняли, что с Карбышевым "не так все просто" - привлечь его на сторону фашистской Германии довольно проблематично. Вот содержание одного из секретных писем, которое получил полковник Пелит от "вышестоящей инстанции": "Главное командование инженерной службы снова обратилось ко мне по поводу находящегося в Вашем лагере пленного Карбышева, профессора, генерал-лейтенанта инженерных войск. Я был вынужден задержать решение вопроса, так как рассчитывал на то, что Вы выполните мои инструкции в отношении названного пленного, сумеете найти с ним общий язык и убедить его в том, что, если он правильно оценит сложившуюся для него ситуацию и пойдет навстречу нашим желаниям, его ждет хорошее будущее. Однако майор Пельтцер, посланный мною к Вам для инспектирования, в своем докладе констатировал общее неудовлетворительное выполнение всех планов, касающихся лагеря Хаммельбург и в особенности - пленного Карбышева".
Генерала поместили в одиночную камеру без окон, с яркой, постоянно мигающей электрической лампой. Находясь в камере, Карбышев потерял счет времени. Сутки здесь не делились на день и ночь, прогулок не было. Но, как говорил он потом товарищам по плену, прошло, по-видимому, не менее двух-трех недель, прежде чем его вызвали на первый допрос. Это был обычный прием тюремщиков, - вспоминал впоследствии Карбышев, с профессорской точностью анализируя все это "мероприятие": заключенного приводят в состояние полной апатии, атрофии воли, прежде чем взять "в раскрутку".
Внимательно выслушав условия "сотрудничества", Дмитрий Михайлович спокойно ответил: "Мои убеждения не выпадают вместе с зубами от недостатка витаминов в лагерном рационе. Я солдат и остаюсь верен своему долгу. А он запрещает мне работать на ту страну, которая находится в состоянии войны с моей Родиной".

Внимательно выслушав условия "сотрудничества", Дмитрий Михайлович спокойно ответил: "Мои убеждения не выпадают вместе с зубами от недостатка витаминов в лагерном рационе. Я солдат и остаюсь верен своему долгу. А он запрещает мне работать на ту страну, которая находится в состоянии войны с моей Родиной".
За три месяца до вступления нашей армии в Берлин 65-летнего Карбышева перевели в лагерь Маутхаузен, где он и погиб.
Впервые стало известно о гибели Карбышева через год после окончания войны. 13 февраля 1946 г. майор канадской армии Седдон Де-Сент-Клер, находившийся на излечении в госпитале под Лондоном, пригласил к себе представителя Советской миссии по делам репатриации в Англии, чтобы сообщить "важные подробности".
"Мне осталось жить недолго, - сказал майор советскому офицеру, - поэтому меня беспокоит мысль о том, чтобы вместе со мной не ушли в могилу известные мне факты героической гибели советского генерала, благородная память о котором должна жить в сердцах людей. Я говорю о генерал-лейтенанте Карбышеве, вместе с которым мне пришлось побывать в немецких лагерях".
По словам офицера, в ночь с 17 на 18 февраля около тысячи пленных немцы пригнали в Маутхаузен. Мороз стоял около 12 градусов. Все были одеты очень плохо, в рванье. "Как только мы вступили на территорию лагеря, немцы загнали нас в душевую, велели раздеться и пустили на нас сверху струи ледяной воды. Это продолжалось долго. Все посинели. Многие падали на пол и тут же умирали: сердце не выдерживало. Потом нам велели надеть только нижнее белье и деревянные колодки на ноги и выгнали во двор. Генерал Карбышев стоял в группе русских товарищей недалеко от меня. Мы понимали, что доживаем последние часы. Через пару минут гестаповцы, стоявшие за нашими спинами с пожарными брандспойтами в руках, стали поливать нас потоками холодной воды. Кто пытался уклониться от струи, тех били дубинками по голове. Сотни людей падали замерзшие или с размозженными черепами. Я видел, как упал и генерал Карбышев", - с болью в сердце излагал канадский майор.