Планы политической карьеры у Михаила Евдокимова возникли ещё в 1995 году. 4 апреля 2004 года Евдокимов одержал победу на выборах главы Алтайского края, обойдя во втором туре Александра Сурикова. СМИ окрестили победу Евдокимова «синдромом Шварценеггера».

Михаил Евдокимов говорил, что достижений в жизни Алтая за этот год было много, но самыми важными можно, пожалуй, назвать три:
"Во-первых, хороший урожай зерновых, который оказался больше прошлогоднего на 400 тысяч тонн. Во-вторых, пополнение парка машин "Скорой помощи" в рамках губернаторской программы "Здоровье Алтая", благодаря чему за полгода медицинские учреждения Алтая получили 211 автомобилей. А это ни много ни мало 10-летняя норма снабжения спецтехникой. И, наконец, добыча первой руды на уникальном месторождении полиметаллических руд в Рубцовском районе".
С избранием главой администрации края, по словам Михаила Евдокимова, воплотилась в жизнь его давняя мечта - жить и работать на своей родине, для своих земляков, вместе с ними поднимать свой край.

7 августа 2005 года в 09:20 по московскому времени Михаил Сергеевич Евдокимов погиб в результате автомобильной аварии на трассе М-52 «Чуйский тракт» Бийск—Барнаул, в 123 километрах от Барнаула и 29 км от Бийска. Евдокимов и его жена Галина в сопровождении водителя и охранника направлялись в село Полковниково Косихинского района, где проходили мероприятия по случаю 70-летия со дня рождения космонавта Германа Титова.

Ряд журналистов и политиков высказали предположения, что Евдокимова могли убить за то, что он пытался бороться с коррупцией, связанной, вероятно, с контрабандой (в том числе наркотиков) с территории соседнего Казахстана, с которым граничит Алтайский край. Официальное следствие не проводило проверок ни одной из версий, выходящих за рамки предположения об «обычном ДТП». Аркадий Вольский в телевизионном интервью (документальный фильм Леонида Якубовича «Последние 24 часа. Михаил Евдокимов») вспоминал, что незадолго до гибели Евдокимов сказал ему: «Батька, меня, наверное, шлёпнут…»

Мотила М. С. Евдокимова