Другой работой стала роль королевы Анны в приключенческом фильме Георгия Юнгвальд-Хилькевича «Д’Артаньян и три мушкетера». «Я никогда не видела живую королеву, разве что по телевизору или в прессе. Мы с режиссером хотели сделать абсолютно земную женщину, мимо которой ничто не прошло – ни любовь, ни ревность, ни страх, ни торжество победы. Ей свойственны все эмоции и все слабости человеческие. Да королева! Но за внешней этической сеткой скрывается живой человек, испытывающий те же чувства, что и любой другой», - так оценила свой персонаж сама актриса.

Легкая, непринужденная манеры игры Алисы Фрейндлих нередко сопрягалась с тонкой комедийностью. Особенно это проявлялось в фильмах Эльдара Рязанова, работать с которым ей очень нравилось. После успеха «Служебного романа», она с удовольствием приняла его приглашение на роль Огудаловой в фильм «Жестокий романс» по пьесе Островского «Бесприданница». Правда, худсовет посомневался относительно ее кандидатуры. Огудалова – монстр, вторая Кабаниха. Какая из Фрейндлих Огудалова? Но Рязанову удалось показать, что это просто несчастная женщина, рано овдовевшая, не имеющая средств к существованию, и у нее своя внутренняя драма. Именно такой и сыграла ее Фрейндлих в этом фильме.

В постсоветское время Фрейндлих снималась редко. Она вновь сыграла королеву Анну в продолжении «мушкетеров» - «Мушкетеры двадцать лет спустя» и «Тайна королевы Анны». Однако эти фильмы не имели столь шумного успеха, как первая картина. Зато большой удачей актрисы стала роль писательницы в фильме Валерия Тодоровского «Подмосковные вечера» (1994).

В последние годы кино не баловало, а те роли, которые ей предлагали, Алиса Бруновна отвергала. И все же телезрители смогли насладиться новой работой их любимой актрисы. Она сыграла главную роль в сериале «Женская логика». Ее героиня, неугомонная пенсионерка Ольга Петровна Туманова, влюбленная в детективы, в силу обстоятельств начинает расследование убийства и доводит его до конца, несмотря на скептицизм окружающих. Сериал имел успех у зрителей, и вскоре вышли вторая и третья части.

Алиса Фрейндлих — обладательница двух национальных театральных премий «Золотая Маска» (2001, 2006) и двух премий Российской Академии кинематографических искусств «Ника» (1994, 2005).