В 1940 году в звании капитана командовал 1-й ротой 41-го бронетанкого полка. 16 мая в районе Стони провел бой с немецкими танками, в котором уничтожил 2 Pz Kpfw IV и 11 Pz Kpfw III, а также 2 противотанковых орудия. 12 июня того же года был взят в плен.
Пребывая сначала в госпитале, а затем и в лагере для военнопленных на территории Польши лагерь Офлаг 2Д, Пьер Бийот пытается трижды бежать, но все эти попытки заканчивались безрезультатно. В феврале 1941 году по одной версии бежал из плена, по другой — был освобождён под обещание, сотрудничать с немцами. Перейдя еще с двумя товарищами границу СССР, он попадает в лагерь, но уже советский. Сначала он содержался в лагере под Каунасом, потом под Козельском. Во время нападения Германии на СССР Бийот пребывал в Лубянской тюрьме. После этого он был освобожден и почти сразу же присоединяется к народно-освободительному движению «Свободная Франция», при этом был назначен главой военной миссии «Свободной Франции» в СССР.
В 1941 году освобождён и присоединился к «Свободной Франции» и в том же году назначен главой французской военной миссии «Свободной Франции» в Москве.
В мае 1942 назначен начальником штаба генерала Шарля де Голля.
С мая 1943 секретарь Комитета национальной обороны.
В июле 1944 назначен командиром 5-й тактической группы (развёрнутой во 2-ю бронетанковую дивизию). Участник боев в Нормандии и освобождения Парижа. С сентября 1944 года командир 10-й дивизии.
После окончания войны занимал пост губернатора Гессена-Нассау.
С декабря 1945 помощник начальника Генштаба.
С 5 марта 1946 года глава французской военной миссии в ООН.
В феврале 1950 вышел в отставку, в 1951-55 депутат законодательного собрания департамента Кот-д’Ор.
С 23 февраля 1955 года по 1 февраля 1956 года занимал пост министра обороны Франции.
В 1962-66 годах сенатор.
В 1967 избран депутатом Национального собрания.
В 1978 отошёл от политической деятельности.
В последующие годы Пьер Бийот прожил в Булонь-сюр-Мер, посвятив остаток своей жизни семье и написанию мемуаров. Умер Пьер Бийот 29 июня 1992 года в возрасте 86 лет в больнице Амбруа-Паре. Похоронен в церкви Святого Кристофа 3 июля.