Ямамото полагал, что все конфликты необходимо решать за столом переговоров. После обучения в Японии он учился в Гарварде, а затем занимал пост военно-морского атташе в посольстве Японии в США.
Он принял участие во второй Лондонской морской конференции в 1930 году в звании контр-адмирала и уже в звании вице-адмирала — в Лондонской мореходной конференции 1934 года.
В то время как в Японии набирали силу милитаристские настроения, Ямамото оставался «белой вороной» — он был противником вторжения в Манчжурию, войны с Китаем, крайне негативно относился к заключению союзнического пакта между нацистской Германией и фашистской Японией.
Позиция Ямамото вызывала крайнее раздражение сторонников войны, которые начали ему открыто угрожать.

«Погибнуть за Императора и за Родину — это наивысшая честь для военного человека. Цветы восходят в поле, где прошёл тяжкий, храбрый бой. И даже под угрозой смерти боец будет вечно верен Императору и его земле. Жизнь и смерть одного человека ничего не значит. Империя превыше всего… Они могут уничтожить моё тело, но они никогда не смогут покорить мою волю», — отвечал на все угрозы Ямамото.
В 1939 году его назначили на должность главнокомандующего Объединённым флотом. Назначение это было связано с желанием убрать Ямамото из Токио, где националисты практически открыто угрожали ему смертью.

Главком японского флота предвидел исход войны.

Когда в 1941 году решение о предстоящей войне с США было фактически принято, многие полагали, что адмирал Ямамото лишится своей должности, однако этого не произошло.
Его противники знали — адмирал верен присяге и, несмотря на свои взгляды, будет исполнять полученные приказы. Кроме того, на флоте у Ямамото был очень высокий авторитет.
Ямамото действительно исполнил полученный приказ, разработав план нападения на Перл-Харбор. При этом адмирал предвидел и то, как будут развиваться дальнейшие события.
«Я буду неудержимо двигаться вперёд в течение половины или целого года, но я абсолютно не ручаюсь за второй или третий год», — говорил адмирал на вопросы о военных перспективах.
По мнению Ямамото, чтобы победить США, японской армии «нужно маршировать до самого Вашингтона и подписать капитуляцию Америки в Белом доме». «Я сомневаюсь, что наши политики (которые говорят о японо-американской войне с такой беззаботностью) уверены в победе и готовы принести нужные жертвы», — говорил японский адмирал.
Прогноз Ямамото оправдался полностью. После первых месяцев успешного наступления японские силы потеряли инициативу, и их положение в войне стало стремительно ухудшаться. Несмотря на это, главнокомандующий Объединённым флотом продолжал пытаться исправить ситуацию. В успех он не очень верил, но исполнял свой долг.

Охотники и жертва.

В феврале 1943 года Япония потерпела поражение в битве за Гуадалканал, что привело к окончательной утрате стратегической инициативы в войне.
Адмирал Ямамото, понимая, что после данной неудачи солдаты и офицеры находятся в тяжёлом психологическом состоянии, принял решение лично провести инспекцию войск южного Тихого океана. Инспеция проходила в апреле 1943 года, и информацию о ней удалось перехватить американским разведчикам.
Американцы узнали, что утром 18 апреля Ямамото полетит из Рабаула на аэродром Баллалае, который расположен на острове Бугенвиль на Соломоновых островах.
Для проведения перехвата была выбрана 339-я истребительная эскадрилья 347-й истребительной группы 13-й Воздушной армии США, так как их машины P-38 «Лайтнинг» имели достаточную дальность полёта. Американские пилоты были уведомлены, что они будут проводить перехват «важного старшего офицера», но не были поставлены в известие об имени их мишени.
Японцы не знали о том, что информация о передвижении главнокомандующего доступна противнику, однако опасались за его безопасность. Адмиралу Ямамото предлагали отменить полёт, но он наотрез отказался. Заняв место рядом с пилотом в бомбардировщике «Бетти», адмирал точно по графику отправился в перелёт дальностью в 319 миль.
С острова Гуадалканал на перехват самолёта с адмиралом должны были вылететь 19 специально оборудованных дополнительными топливными баками P-38. В реальности взлететь смогли 18, затем ещё один вернулся на базу из-за поломки, а ещё два упали в море. Оставшиеся летели на малой высоте и поддерживали радиомолчание почти всё время перелёта на расстояние 430 миль, чтобы не быть обнаруженными.