В конце 90-х Андрей Краско вернулся и в театр. Первые большие сценические работы Андрея Краско связаны с петербургским театром «Приют комедианта», где в 1999 году он сыграл роль филера Александрова по прозвищу Феклуши в спектакле Петра Шеришевского «Собачий вальс» (по Леониду Андрееву), а в 2001 году создал образ знаменитого Венички в перенесенной на театральные подмостки Г. Васильевым поэмы В.Ерофеева «Москва – Петушки». В числе последних театральных работ актера - постановки «На дне» (Сатин) и «Смерть Тарелкина».
Вот как описывали игру актера на сцене: «Он органичен в любой ситуации, неуловим и загадочен. Плавные движения и вкрадчивые певучие интонации делают его похожим на кошку. Он не выходит на сцену - он на ней появляется, то ли материализуясь из ничего, то ли находясь на ней всегда, просто становится заметным в нужный момент. Он никогда не суетится и, кажется, даже не торопится, словно его время отличается от времени всего человечества. Его феноменальное обаяние, как сценическое так и человеческое, столь велико, что невольно сравниваешь его с легендарным Гаммельнским крысоловом: Краско без всякой дудочки может заворожить и увести за собою кого угодно».

Последние работы в кино
В последние годы Андрей Краско стал очень популярным и востребованным актером. Его популярности способствовали роли в драме Павла Лунгина «Олигарх» и телевизионном сериале «Линии судьбы».
Одной из лучших работ в начале 2000-х несомненно является роль в драме «72 метра». Андрей Краско блистательно сыграл командира подводной лодки «Славянка» Янычара. Глядя на эту работу невозможно не восхищаться. Как тонко подмечены черты характера. Вот он распекает своих подчиненных, которые стоят перед ним вытянувшись в струнку, и вот уже мгновение спустя, следует оклик его жены, и грозный командир на полусогнутых ногах спешит к своей супруге. Драма «72 метра» заслуженно был названа лучшим фильмом 2004 года.
В 2005 году вышел очередной сериал с участием Андрея Краско – «Гибель империи». Актер сыграл офицера контрразведки Стрельникова, который вместе со своими коллегами: Костиным (Александр Балуев), Нестеровским (Сергей Маковецкий) и Штольцом (Марат Башаров) раскрывали заговоры против Российской империи.
В сериалах «Участок» и «Заколдованный участок» («Участок-2») проявился комедийный талант актера. Причем его комедийность была какой-то особенной, с большой долей грустинки.

Ушел из жизни Андрей Краско внезапно, на пике своей популярности. В его биографии наступил тот замечательный период, когда он, во-первых, в силу своего таланта способен был играть самые разные роли, а во-вторых, был чрезвычайно востребован у режиссеров. Парикмахер в сериале «Брежнев», журналист Александр Ветров в фильме «Королевство кривых», хозяин пансионата Сан Саныч в картине «На белом катере», главный инженер комбината Скоросько в фильме «Охота на изюбря», комполка в «9 роте», майор Игорь Голомазов в картине «Принцесса и нищий», Маркел в сериале «Доктор Живаго», дядя Паша в военной драме «Сволочи»... - это далеко не полный перечень последних работ актера.
Летом 2006 года он снимался в Одессе в очередном фильме. В ночь на 5 июля у актера не выдержало сердце. Андрею Краско было всего лишь 48 лет.