В ходе второго этапа пребывания советских войск в Афганистане интенсивность боевых действий постоянно возрастала, достигнув своего пика в 1984-1985 гг. Численность советских войск в эти годы достигла около 120 тысяч человек, включая 11 тыс. пограничников. Боевые действия развернулись практически на территории всей страны. В ходе их перед советскими войсками ставились две основные задачи: совместно с афганской армией разгромить крупные вооруженные формирования мятежников и оказать содействие правительству Афганистана в расширении и укреплении органов госвласти на местах. Однако полного уничтожения вооруженных формирований мятежников достичь в большинстве случаев не удавалось. Насаждаемые кабульским режимом т.н. «оргядра» быстро истреблялись, на их место снова возвращались мятежники.
Советские войска по-прежнему оставались главной силой в противоборстве с исламской оппозицией. Б.Кармаль рассматривал советское присутствие как средство, под прикрытием которого можно жить беззаботно, устраивать свои фракционные дела и пользоваться всеми благами, даваемыми властью. Свои расчеты он, да и другие руководители страны строили на том, что советские войска будут бесконечно долго находиться в Афганистане и выполнять функции охраны режима.

417 военнослужащих пропали без вести и оказались в плену. Вернулись на Родину 130 человек. Впоследствии (до 1992 года) удалось освободить 119 пленных. На 15 февраля 2009 года в списках пропавших без вести оставалось 270 человек. По состоянию на 1 марта 2013 года (по разным данным) в этих списках значилось 264 человека.
По потерям 1984-1985 годы стали саны. Из информации командования 40-й Армии: «Боевые действия в ДРА отличаются размахом и ожесточенностью... В 1985 году мы потеряли в ДРА 1868 человек (в т.ч. 202 офицера); умерло от боевых ран 358 человек (в т. ч. 33 офицера). К числу безвозвратных потерь относятся и небоевые потери - 316 человек. Кроме того: захвачено бандформированиями - 36 человек, пропало без вести - 37 человек».
Раздробленность партии и фракционные склоки в НДПА наносили вред стране, разобщали народ и вооруженные силы. Процветала коррупция, руководство обогащалось на войне, на советской безвозмездной помощи. Уровень жизни населения в большинстве районов страны не только не возрастал, но и падал. Нередко получалось так, что жизнь населения в контролируемых государством районах становилась хуже, чем в районах, где «народная» власть не была установлена. И как результат этого - к 1986 году народная власть контролировала только 23 % территории страны. Под контролем правительства оставались города и связывающие их основные автомобильные магистрали (и то потому, что были прикрыты советскими сторожевыми заставами). Подавляющее большинство сельских районов находилось под усиливающимся влиянием исламских комитетов мятежников. Если в 1981-1983 гг. на территории Афганистана численность активных формирований составляла около 45 тыс. человек, то к 1986 году - уже 150 тыс. человек.
3-й этап охватывает 1985 г.-1986 г. когда и в Афганистане, и в СССР на рубеже 1986 г. созрело понимание того, что так дальше продолжаться не может. Становилось все более очевидным: решить внутриафганскую проблему военным путем невозможно, нужны новые подходы, новые лидеры. Коренные перемены наметились, начиная с октября 1985 года, после встречи М.С.Горбачева с руководством республики. Афганской стороне было заявлено о серьезных перегибах в практике НДПА и рекомендовано пересмотреть, перестроить свою политику. СССР заявил о твердом намерении вывести войска из Афганистана.

Потери техники и вооружения составили:
• Самолетов - 118;
• Вертолетов - 333;
• Танков - 147;
• БМП, БМД, БТРов - 1138;
• Орудий и минометов - 433;
• Радиостанций и командно-штабных машин - 1138;
• Инженерных машин - 510;
• Автомобилей бортовых и бензовозов - 11369.
Осенью 1986 года из Афганистана были выведены шесть боевых частей (танковый, 2 мотострелковых и 3 зенитных полка). Так было объявлено официально, но на практике это оказалось скорее политическим заявлением, ибо вывод этих частей практически никак не сказался на численности ОКСВ, который продолжал участвовать в боевых действиях.
В связи с тем, что НДПА под руководством Б.Кармаля была неспособна вывести ситуацию в Афганистане из тупика, на Пленуме ЦК НДПА (май 1986 г.) на пост Генерального секретаря партии вместо него был избран М.Над-жибулла, возглавлявший до этого Министерство госбезопасности (ХАД). Был провозглашен курс на национальное примирение и прекращение братоубийственной войны. Наджибулла объявил, что основной упор будет сделан на решение проблем Афганистана политическими методами. Цели провозглашались благородные. Но... сфера госвласти практически не расширялась, руководство оппозиции не желало вступать в коалицию со «ставленниками неверных», будучи уверено в скором приходе к власти. Эта пассивность и двурушничество власти привели к тому, что в ходе боевых действий афганские войска должной активности и настойчивости не проявляли, стараясь избегать боевых столкновений с мятежниками.
И, как результат, мы снова выполняли «интернациональный долг», принимая удары на себя. После объявления ПНП советские войска пытались прекратить активные боевые действия, перенести акцент на службу прикрытия, охрану коммуникаций, проведение спецпропаганди-стских мероприятий силами отрядов пропаганды и агитации. Однако и в этот период частям ОКСВ по просьбе афганского руководства приходилось участвовать в операциях против «непримиримой» оппозиции. Кроме известной операции «Магистраль», проводились операции вокруг Кабула, в районе Кандагара, а также продолжался активный перехват караванов, доставлявших оружие и боеприпасы из Пакистана и Ирана.
Последний этап войны охватывает 1987-1989 гг., период подготовки и вывод советских войск из Афганистана.
Несмотря на небольшие практические результаты ПНП внутри страны, она все-таки дала импульс афгано-пакистанским переговорам по вопросам урегулирования отношений между двумя странами. Этот процесс ускорило и начало перестройки в СССР. Большую роль для прогресса Женевских переговоров сыграли заявления М.С.Горбачева и М.Наджи-буллы от 8 февраля 1988 года, в которых содержалась программа урегулирования конфликта, и предлагались конкретныепути решения сложных проблем.
14 апреля 1988 года при посредничестве ООН Женевские соглашения были подписаны министрами иностранных дел Афганистана, Пакистана и, в качестве гарантов их выполнения, - СССР и США. Самым существенным в этих соглашениях было то, что они в принципиальном плане давали возможность решить главный вопрос афганской ситуации - прекращение вооруженного или другого вмешательства в дела Афганистана извне.
В соответствии с этими договоренностями СССР взял обязательство вывести свои войска из Афганистана в девятимесячный срок, начиная с 15 мая 1988 года. При этом половина всех войск предназначалась к выводу в течение первых трех месяцев, а Пакистан и США обязались прекратить всякое вмешательство во внутренние дела Афганистана.