«Ханли» была найдена в 300 метрах от места потопления «Хаусатоника». Подводная лодка лежала на глубине 8,1 метра, покрытая толстым слоем ила, что позволило ей сохраниться в достаточно хорошем состоянии. В 2000 году подлодку подняли на поверхность. Членов ее экипажа торжественно похоронили в 2004 году после обследования останков, а также реконструкции лиц покойных.
По информации на 2015 год лодка отреставрирована и экспонируется в реставрационном центре Уоррена Лаша, город Норт-Чарлстон, штат Южная Каролина.

Для своего времени подлодка «H. L. Hunley» стала прорывом в технологиях судостроения. Ее длина составляла 12 метров. Корпус лодки был сделан из железного парового котла. Устройство стало таким новшеством, что ее изобретатели даже не смогли классифицировать тип аппарата. Форма субмарины была достаточно обтекаемой и заостренной в хвосте. Помимо изящной конструкции подлодка имела балластные цистерны и горизонтальные плоскости (рули) для всплытия и погружения. Система рулевого управления представляла собой набор нескольких тяг, соединенных между собой. Данная конструкция обеспечивала «маневрирование». В движение подлодка приводилась с помощью ручного привода в виде коленчатого вала, присоединенного к гребному винту. Это на первый взгляд примитивное устройство обеспечивало довольно стабильное и бесшумное движение аппарата. На подлодке даже заклепки были тщательно продуманы, они обеспечивали необходимую обтекаемость корпуса.
Но, несмотря, на изысканность, конструкция имела ряд серьезных недостатков. На борту подлодки регулярно выходила из строя трубка подачи воздуха. Когда лодка погружалась в воду, на борту оставалось столько воздуха, сколько в ней было, когда задраивались люки, поэтому всплывать лишь для того, чтобы открыть люки было рискованно. Также постоянной опасностью было опрокидывание лодки.

Показательно, что гибель застала экипаж на своих штатных местах. В 2008 году версия была частично подтверждена: учёные доказали, что помпы «Ханли» не работали, что может означать отсутствие воды внутри лодки, по этой версии причиной гибели экипажа считается недостаток кислорода в погружённом положении.
В январе 2013 года один из консерваторов «Х.Л. Ханли» и сотрудник Университета Клемсона в Южной Каролине Пол Мардикян объявил, что, наконец, разгадал эту загадку. По его словам, ему и нескольким другим исследователям удалось обнаружить в носовой части корабля небольшой медный осколок. Исследователи предположили, что в момент подрыва мины подлодка находилась очень близко к ней, в результате чего члены ее экипажа получили ранения и погибли.
23 августа 2017 года группа исследователей из американского Университета Дьюка опубликовала в PLoS One результаты нового исследования, по итогам которого они пришли к выводу, что причиной смерти экипажа стала контузия легких. Ученые провели расчеты и заключили, что с вероятностью 85% экипаж подводной лодки подвергся воздействию ударной волны, распространившейся при подрыве мины.

В апреле 2004 года тысячи людей, многие из которых были одеты в серые мундиры армии Конфедерации, прошли похоронным маршем от старой береговой батареи Чарльстона до кладбища Магнолия, отдавая дань павшим героям давно минувших дней.