Против бывшего президента самопровозглашенной Республики Сербской (в Боснии и Герцеговине) обвинение выдвинуто по 11 пунктам: по одному - в нарушении Женевской конвенции 1949 года, по трем - в нарушении законов и обычаев войны, по двум - в геноциде и по пяти пунктам - в преступлениях против человечности. Согласно обвинению, преступления совершались в отношении боснийских мусульман, хорватов и других несербов в ходе боснийской войны 1992-1995 годов.
Первые обвинения в геноциде, военных преступлениях и преступлениях против человечности, совершенных на территории Боснии и Герцеговины, были выдвинуты в отношении Караджича в июле 1995 года. Позднее, в ноябре того же года, добавились пункты в связи с событиями 1995 года в Сребренице, когда были убиты около 8 тысяч мусульман.
Караджич обвиняется в обстреле Сараева, когда были убиты и пострадали тысячи мирных жителей, а также в захвате в заложники миротворцев ООН и военных наблюдателей. Последний раз изменения в обвинительный акт вносились 31 мая 2000 года.
Радован Караджич был арестован 21 июля в Белграде, а 30 июля экстрадирован в Гаагу. Он скрывался от международного правосудия в течение 13 лет.