Инициаторов переворота в Гондурасе обвинили в превышении власти
Прокуратура не стала самостоятельно возбуждать дело и выдавать ордера на арест, а обратилась в Верховный суд Гондураса с просьбой рассмотреть вопрос об ответственности командующего Объединенным генеральным штабом генерала Ромео Васкеса и еще пяти высокопоставленных военных. Генералов обвиняют в превышении власти, поскольку по законам страны высылка граждан Гондураса запрещена.
Скрывающийся после возвращения в Гондурас в бразильском посольстве Селайя заявил, что демарш прокуратуры является частью "новой тактики" правительства для урегулирования международной напряженности вокруг страны, поскольку большая часть латиноамериканских стран не признали итоги состоявшихся 29 ноября президентских выборов. На них победил лидер правой Национальной партии Порфирио Лобо.
Селайя считает, что против военных намеренно выдвинуты обвинения в незначительных преступлениях. Заявление прокуратуры прозвучало через несколько дней после визита в Гондурас американского дипломата Крейга Келли, который пытался примирить политических противников и найти выход из кризиса.
Мануэль Селайя был отстранен от своего поста и выслан в Коста-Рику после того, как инициировал запрещенный конституцией процесс изменения законодательства о количестве президентских сроков. Действия военных были поддержаны Конгрессом и Верховным судом страны. Однако после высылки Селайи страна попала в международную изоляцию: Соединенные Штаты, Евросоюз, страны Организации американских государств и Генассамблея ООН назвали события июня 2009 года военным переворотом и потребовали вернуть Селайю к власти.
Конфликт не удалось разрешить до президентских выборов. Их результаты признали США и еще несколько стран, однако большая часть государств региона посчитала их нелегитимными.